Άλλωστε η ανεξαρτησία πρέπει να χαρακτηρίζει και την λειτουργία όλων των οργάνων της κάθε εθνικής Ομοσπονδίας.
Στο κεφ. 2.3 γίνεται λεπτομερής αναφορά στην αρχή της διάκρισης των ποδοσφαιρικων εξουσιών("a clear separation of powers...") ώστε να αποφεύγεται αφενός μεν η συγκέντρωση τους στα χέρια ενός προσώπου, αφετέρου δε η οποιαδήποτε εξωποδοσφαιρικη επιρροή.
Ειδική αναφορά γίνεται στην ανάγκη ανεξαρτησίας των δικαστικών οργάνων ("intepedent judicial bodies which take decisions on any disciplinary and ethical issues") που λαμβάνουν αποφάσεις σε κάθε πειθαρχικη και ηθική υπόθεση.