Για άνιση μεταχείριση έναντι των υπολοίπων ομάδων της Super League από πλευράς ΕΠΟ, διαμαρτύρονται οι ΠΑΕ που ανέβηκαν φέτος από την Football League,(Παναιτωλικός, Καλλονή, Απόλλων Σμύρνης και Εργοτέλης).
Σύμφωνα με την προκήρυξη του Κυπέλλου, οι ομάδες που προβιβάσθηκαν στην Σούπερ Λίγκα θα τοποθετηθούν σε κληρωτίδα, έτσι ώστε να προκύψουν δύο, οι οποίες θα τοποθετηθούν μαζί με τις ομάδες της Β’ Εθνικής κατηγορίας.